本会的最高权力机构是理事会,党建机构是中共福州大学党政办公室、校友会、基金会支部委员会(联合党支部),基金会实行理事会领导下的理事长负责制。
理事会下设办公室、财务部作为基金会的日常工作机构,办公室主要负责综合协调、文秘、宣传、督查、来信来访、后勤保障等工作,财务部主要负责全面财务管理,包括财务预算编制与执行、会计核算与监督等工作。
联合党支部下设党建办公室(联合)。
附件:组织架构图